私鉄との乗継割引が適用となる区間を利用した場合は、割引運賃の計算方法により、同一区間でも駅の利用順序によってJR東日本線の運賃が異なる場合があるためです。
 
例：東京メトロ行徳駅～西船橋駅～JR津田沼駅間（通常IC運賃：行徳→西船橋168円、西船橋→津田沼168円）を利用した場合、後に乗車した路線の運賃が乗継割引適用となるため、西船橋→津田沼間の運賃168円から20円が引かれます。
このため、西船橋～津田沼間のSuicaからの引き去り額が、往路は20円が引かれた148円、復路は168円となるため、同一運賃区間とはなりません。
よって、行徳～津田沼間を5往復ご利用していただいても、同一運賃区間に10回乗車というカウントにはなりません。
※運賃は2021年1月27日現在の額